孤岛惊魂6结局有两个，一个是正常结局，还有一个是隐藏结局。正常结局是反叛军被独裁者消灭，反派的亲生儿子死了，主角成为反派干儿子。隐藏结局则是：玩家可以在相反方向驾驶一艘船，游戏会显示在三个月之后，主角在海滩享受日光浴。
总的来说就是在玩家完成第一个行动Libertad Rises之后，玩家可以选择在抵抗组织独裁者进行抵抗。当然玩家也可以选择离开雅拉，然后去美国过着非常休闲的生活。在游戏中地图上会出现一个光标，提示玩家进行下一场战斗，但要向相反的方向航行。
玩家可以触发快速褪色的画面，接着游戏会显示三个月后在沙滩上玩耍的主角。而且你还可以在广播里听到主持人说孤岛惊魂6的大反派安东·卡斯蒂要打倒叛军。根据作品剧情，丹尼的原本打算和朋友亚历荷搭船去美国，但被军队伏击并困在圣所岛。
接受了自由民阵营首领克拉拉的帮助，完成圣所岛任务后，克拉拉会按照约定赠送玩家一艘破船，玩家可以选择3条主线自由前往。但是如果玩家不去任务点开船直接离开亚拉，会触发隐藏结局。
